近日，北京中医药大学东直门医院商洪才课题组联合武汉科技大学徐雪课题组在国际生物信息学期刊《Briefings In Bioinformatics》（中科院1区）上发表了最新研究成果，文章题为”Botanical Drugs: A New Strategy for Structure-based Target Prediction”。该成果提出了一种中药小分子靶点预测的新策略，该策略可有效降低分子模拟对接结果的假阳性率，加速中药机制阐明和研发进程。

中药小分子靶点识别是药物发现和重定位的重要研究方向，但当前利用分子模拟对接技术识别的小分子靶点假阳性率高达约50%。具体而言，分子模拟对接技术主要通过配体在蛋白质结合位点上的结合进行蛋白质-配体构象预测，而未能充分考虑小分子和蛋白质在三维空间的相互作用信息。该成果基于已知的蛋白质-配体复合物三维空间结构，对配体中各个原子与其周围氨基酸残基片段的相对位置进行统计，并利用贝叶斯高斯混合模型(Bayesian Gaussian Mixture Model)进行探索，进而识别、获取并描述基于空间关系的蛋白质-配体相互作用模式的几何特征，证明了蛋白质-配体相互作用模式能够有效鉴别配体构象是否合理，从而降低分子模拟对接预测结果的假阳性率。该成果将蛋白质-配体构象的相互作用模式参数作为靶点预测和筛选的重要指标，为中药的靶点识别提供了一种新策略。同时，还将此策略成功应用于马钱子和黄芪主要成分的靶点识别，得到了与中药临床作用相吻合的一系列靶点预测结果，为中药重定位研究及中药多靶点作用机制阐释提供了新思路。